2014年バイオスーパーコンピューティング・ソフト講習会シリーズ 講習会「やさしいcppmd (超並列高速MD計算コア)ソフトの紹介と利用方法の詳細」

2014年03月12日 会合

主催：理化学研究所 情報基盤センター
共催：HPCI戦略プログラム 戦略分野1
協賛：バイオグリッドセンター関西、生命情報工学研究センター（CBRC）、
　　　バイオスーパーコンピューティング研究会　

日時：2014年3月25日(火) (13:30-15:30)　受付開始 12:45
場所：公益財団法人都市活力研究所 (NPO法人バイオグリッドセンター関西) 会議室　
　　　 (大阪市北区大深町3-1グランフロント大阪　タワーC 7F)
　　　TEL：06-6359-1322

参加費：無料
定員：20名
参加申込方法：本ページ最下部URLをご覧ください。
参加申込締切：2014年3月24日(月)

概要：
　次世代生命体統合シミュレーションソフトウェア研究開発プログラム(ISLiM)がスー
　パーコンピュータ「京」向けに開発したバイオスーパーコンピューティング・ソフ
　トの中から、「cppmd(超並列高速MD計算コア)」の講習会(実習なし)を下記のとお
　り開催いたします。特に、「京」や大規模並列環境でのMDコードの開発、使いこな
　しにご関心のある方はぜひご参加ください。
　
　** cppmd: 超並列高速MD計算コア **
　64万コア以上の超並列MD計算により、生体分子の運動の長時間計算が可能となる
　100万原子系のサブミリ秒シミュレーションを目指す高速計算プログラム。


プログラム：
　講師 大野 洋介）(cppmd開発者、理研 生命システム研究センター (QBiC) 上級研究員）
　13:30-14:30　
　1. やさしいcppmdソフトの紹介
　64万コア以上の超並列MD計算により、生体分子の運動の長時間計算が可能となる
　100万原子系のサブミリ秒シミュレーションを目指すcppmdプログラムについて、
　その計算モデル、計算方法、「京」コンピューターのための計算最適化手法等に
　ついて専門の立場からやさしく詳細に説明します。

　14:30-15:30
　2. 利用方法の解説と大規模計算事例の紹介
　実際の計算モデルを使って、入力データの作り方、「京」での実行手順、計算結果の
　ポスト処理や解析について実例を示しながら解説を行います。
　また「京」コンピューターを使用した最大規模の計算事例についても詳しく紹介します。

　※時間配分については多少変更される可能性があります。予めご了承ください。

問合先：
　ISLiM研究開発ソフト・アウトリーチ担当
Email: islim-scls-contact(at)riken.jp
迷惑メール対策のため、メールアドレスの(at)を@に置き換えてください。 (Please use at sign instead of (at).)

URL: http://www.csrp.riken.jp/2014/islim-seminar0325.html