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2015年01月14日 掲載 (Published 01/14/2015)


並列配列相同性検索プログラム「GHOST-MP」講習会

主催:
HPCI戦略プログラム 戦略分野1
「予測する生命科学・医療および創薬基盤」

共催:
産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター(CBRC)
特定非営利活動法人バイオグリッドセンター関西
公益財団法人都市活力研究所

後援:
理化学研究所情報基盤センター
バイオスーパーコンピューティング研究会

日時:2015年3月20日(金)13:00 〜 16:30(12:30 より受付開始)

場所:産業技術総合研究所・臨海副都心センター
別館8階 コラボレーションコーナー

アクセス  http://www.cbrc.jp/ja/map.ja.html

【参加費】 無料

【定員】 10名

申し込み受付開始:2015年1月14日(水)11時より
先着順でお申し込みを受け付けますので、定員になり次第終了します。

【参加申し込み】
ホームページからお申し込みください。
申込ボタンは、受講申込受付期間中のみ、表示されます。

受講者には事務局から事前準備についてお知らせしますので、指示に
従ってご準備をお願いいたします。

(注)SCLS利用アカウント申請にあたっては、下記URLにあるSCLS
公募の「応募資格」を満たしていることが条件となります。満たさ
ない方は受講できません。
http://www.scls.riken.jp/supercomputer/public.html

概要:
配列相同性検索プログラムGHOST-MPの講習会とSCLS計算機システム
(京互換機)を用いた実習を開催します。
GHOST-MPは、高速な配列相同性検索を行うGHOSTXアルゴリズムを、
分散メモリシステム向けに並列化したソフトウェアです。次世代
シークエンサー等で得られた大量の短い塩基配列またはアミノ酸
配列を入力し、アミノ酸配列データベースに対する相同性検索を
短時間で実行でき、メタゲノム解析などの用途に適します。
講習会では、GHOST-MPのしくみと利用方法を説明し、GHOST-MPを
用いたメタゲノムデータ解析の実習を行います。

実習は、受講者が各自持参するノートPC から京互換機にリモート
ログインして行いますので、受講者には事前にSSH鍵ペアのご準備
をお願いいたします。またSCLS利用アカウントの申請手続きも別途
必要です。(実習用PCは無線LAN必須、最新のウイルスチェッカー
がインストールされているものをご持参ください。)

問い合わせ先:
独立行政法人理化学研究所・HPCI 計算生命科学推進プログラム
scls-mado@riken.jp

email:scls-mado(at)riken.jp
迷惑メール対策のため、メールアドレスの(at)を@に置き換えてください。 (Please use at sign instead of (at).)
URL:https://hpci.cbrc.jp/modules/tutorial/F-2.html