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2014年03月12日 掲載 (Published 03/12/2014)


2014年バイオスーパーコンピューティング・ソフト講習会シリーズ 講習会「やさしいcppmd (超並列高速MD計算コア)ソフトの紹介と利用方法の詳細」

主催:理化学研究所 情報基盤センター
共催:HPCI戦略プログラム 戦略分野1
協賛:バイオグリッドセンター関西、生命情報工学研究センター(CBRC)、
   バイオスーパーコンピューティング研究会 

日時:2014年3月25日(火) (13:30-15:30) 受付開始 12:45
場所:公益財団法人都市活力研究所 (NPO法人バイオグリッドセンター関西) 会議室 
    (大阪市北区大深町3-1グランフロント大阪 タワーC 7F)
   TEL:06-6359-1322

参加費:無料
定員:20名
参加申込方法:本ページ最下部URLをご覧ください。
参加申込締切:2014年3月24日(月)

概要:
 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェア研究開発プログラム(ISLiM)がスー
 パーコンピュータ「京」向けに開発したバイオスーパーコンピューティング・ソフ
 トの中から、「cppmd(超並列高速MD計算コア)」の講習会(実習なし)を下記のとお
 り開催いたします。特に、「京」や大規模並列環境でのMDコードの開発、使いこな
 しにご関心のある方はぜひご参加ください。
 
 ** cppmd: 超並列高速MD計算コア **
 64万コア以上の超並列MD計算により、生体分子の運動の長時間計算が可能となる
 100万原子系のサブミリ秒シミュレーションを目指す高速計算プログラム。


プログラム:
 講師 大野 洋介)(cppmd開発者、理研 生命システム研究センター (QBiC) 上級研究員)
 13:30-14:30 
 1. やさしいcppmdソフトの紹介
 64万コア以上の超並列MD計算により、生体分子の運動の長時間計算が可能となる
 100万原子系のサブミリ秒シミュレーションを目指すcppmdプログラムについて、
 その計算モデル、計算方法、「京」コンピューターのための計算最適化手法等に
 ついて専門の立場からやさしく詳細に説明します。

 14:30-15:30
 2. 利用方法の解説と大規模計算事例の紹介
 実際の計算モデルを使って、入力データの作り方、「京」での実行手順、計算結果の
 ポスト処理や解析について実例を示しながら解説を行います。
 また「京」コンピューターを使用した最大規模の計算事例についても詳しく紹介します。

 ※時間配分については多少変更される可能性があります。予めご了承ください。

問合先:
 ISLiM研究開発ソフト・アウトリーチ担当

email:islim-scls-contact(at)riken.jp
迷惑メール対策のため、メールアドレスの(at)を@に置き換えてください。 (Please use at sign instead of (at).)
URL:http://www.csrp.riken.jp/2014/islim-seminar0325.html