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2014年01月17日 掲載 (Published 01/17/2014)


だれにでもわかる拡張サンプリングシミュレーション -長時間分子動力学シミュレーションへの挑戦-

主催:
 HPCI戦略プログラム 戦略分野1「予測する生命科学・ 医療および創薬基盤」
共催:
 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター(CBRC)

日時:
 2014年3月3日(月)13:30-15:00

場所:
 産業技術総合研究所・臨海副都心センター 別館8階 コラボレーションコーナー
  アクセス http://www.cbrc.jp/ja/map.ja.html
  臨海副都心センターへの入館方法は次のサイトをご参照ください。
  当日は13:00 より入館可能となります。
  https://hpci.cbrc.jp/modules/seminar/howto.html

参加費:
 無料。当日参加も可能ですが、参加ご希望の方は下記のサイトより事前登録
 (2014年2月28日まで)をお願いいたします。
 https://form.cbrc.jp/modules/regist/event.php?eid=44

講師:木寺詔紀(横浜市立大学・理化学研究所)

要旨:
 今日、タンパク質の分子動力学計算は多くの研究分野で活用されています。ただ、弱
 点もあります。酵素の立体構造の機能的な変化や、膜タンパク質を介したシグナル伝
 達など重要な生命現象の多くはミリ秒かそれより長い時間をかけて起こりますが、通
 常の計算機で大きなタンパク質を取り扱う場合、計算できる実時間は長くてマイクロ
 秒程度までに限定されています。そのため、さまざまな理論を駆使して、そのギャッ
 プを埋めようとする努力がなされています。ここではその主な方法である拡張サンプ
 リングシミュレーションに関わる様々な方法の要点をできる限り分かりやすく解説し、
 その基礎的な理解を得ていただききます。つぎに、それら拡張サンプリングシミュレ
 ーションを実装したソフトウェアmu2-libを紹介します。この講義により、タンパク
 質の大規模分子シミュレーションの入り口を理解いただければ幸いです。

問合先:
 独立行政法人理化学研究所・HPCI 計算生命科学推進プログラム

email:scls-mado(at)riken.jp
迷惑メール対策のため、メールアドレスの(at)を@に置き換えてください。 (Please use at sign instead of (at).)