第３回統合ソフト講習会「高並列汎用分子動力学シミュレーションソフトModylasと入力支援ツールIgnition(仮称)講習会」

2009年01月07日 会合

日時：平成21年1月27日(火)10:00～17:30（終了予定時刻）

場所：愛知県岡崎市・自然科学研究機構・岡崎コンファレンスセンター2F　小会議室

ソフトウェア名：「高並列汎用分子動力学シミュレーションソフトModylas」
　　　　　　　　「入力支援ツールIgnition(仮称)」

講師：岡崎　進教授（名大）
　　　山田　篤志助教（名大）
　　　川口　一朋氏（名大）
　　　岩橋　建輔氏（分子研）

参加費：無料

定員：30名（基本的に先着順ですが、民間企業の方を優先しております）

プログラム
10:00- 分子動力学法概要説明、研究事例の紹介
11:00- Modylas概要説明
11:30- Ignition概要説明
　　　　　　(昼休み)
13:30- 端末セットアップ
14:00- Ignition実習
15:00- Modylas実習
16:00- 結果の解析(エネルギー・温度・圧力のグラフ化、軌跡の可視化)

連絡先：米沢　東夫
　　　　TEL:0564-55-7464　　FAX:0564-55-7025
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内容：Modylasは、任意の分子集合体に対して大規模な分子動力学シミュレーションを行うことのできる高並列汎用ソフトウェアであり、長距離力を含めてナノ分野・バイオ分野における分子動力学計算に必要な計算手法のほとんどを備えている。PCクラスタやスーパーコンピュータ上でSMP並列およびMPI並列による高並列計算が可能である。
　分子動力学計算において実際に計算を行うには、多数の原子を含む複雑な系における膨大な数の座標とパラメータ情報を記述した入力ファイルを生成しなければならず、これらを効率よく準備するツールが必要になる。Modylasの入力ファイルを作成する際は、Ignitionソフトウェアと連携することにより初期座標の生成とパラメータの設定をGUI操作により容易に行うことができる。
　Ignitionは分子動力学計算に限らず、原子や分子を対象とする科学技術計算プログラムのための初期配置の作成・加工および入力ファイルの生成を行うソフトウェアであり、Fortran風のテンプレートを用意することにより自作のプログラムも含めてユーザーの使いたいあらゆる計算プログラムに対応した形式の入力ファイルを作成できることが特徴である。
　本講習会では、Modylas とIgnitionソフトウェアを用いて入力ファイルの生成から分子動力学計算の解析までを実際に体験して頂く予定である。

用意していただく物と事前に準備していただくこと
　1. ノートパソコン(有線LAN搭載を推奨)
　　　Windows XP以降搭載機
　　　Mac OSX 10.4以降でOS付属のX11が使える状態のIntel CPU搭載機
　　　Gtk+(version 2.4以降)が使えるLinuxでi386互換機
　2. 事前インストールの必要なもの
　　☆各OSに共通のもの
　・openbabel
　（ http://openbabel.org/wiki/Main_Page ）
　・VMD
　（ http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.8.6/ ）
　　★Windows系OS
　・Gtk+のランタイム環境
　（ http://downloads.sourceforge.net/gladewin32/gtk-2.12.9-win32-2.exe ）
　・ssh対応の端末エミュレーター(putty等)
　　★Mac OSX
　・X11
　（付属のDVDにあります）
　・fink
　OS X 10.4用にはFink 0.8.1が対応しています。
　OS X 10.5用にはFink 0.9.0が対応しています。
　（ http://www.finkproject.org/ ）


----------------------------【背景】-----------------------------
統合ソフト講習会～次世代スーパーコンピュータプロジェクトナノ分野グランドチャレンジ研究開発～
背景：私どもは、2006年４月より文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト（以下、次世代スーパーコンピュータプロジェクト）におけるグランドチャレンジアプリケーション研究開発拠点（ナノ分野）として出発致しました。
　現在開発中の次世代スーパーコンピュータを分子・物質の計算科学のシミュレーションで最大限に活用できるよう、計算科学理論・方法論の確立と、それらに基づくソフトウェアの開発を行っております。これらのソフトウェアは、電子・原子・分子レベルからの精緻な大規模計算に基づいて、ナノスケールの物質で発現する特有の現象・特性を解明し、予測することを可能とします。具体的に「次世代ナノ情報機能・材料」「次世代ナノ生体物質」「次世代エネルギー」の３つのグランドチャレンジ課題を設置し、それぞれの分野の解明にブレイクスルーをもたらす計算科学の飛躍知の発見・発明に繋げていきます。また、研究開発拠点に産学連携体制を構築し、研究成果の産業界への展開を図っております。
　その中で、計算科学の広い裾野を形成することを目的として、その基盤となる統合ソフトの利用講習会をソフトごとに継続的に各地で開催致します。ここでは、講習会資料を用意しながら、基礎となる方法論の講義、ソフトを用いた研究事例の紹介、実際にソフトを用いた計算実習等を行います。
　具体的に、以下の7本のソフトを対象としています。
・QMAS（密度汎関数法、平面波基底による固体の高精度計算）
　　　担当：石橋　章司研究グループ長（産総研）
・時間依存密度汎関数法
　　　担当：矢花　一浩教授（筑波大）・善甫　康成氏（住友化学（株））
・電気伝導計算
　　　担当：小林　伸彦准教授（筑波大）・広瀬　賢二氏（NEC）
・高並列汎用分子動力学シミュレーションソフト
　　　担当：岡崎　進教授（名大）
・RISM/3D-RISM
　　　担当：平田　文男教授（分子研）・吉田　紀生助教（分子研）
・高速量子化学計算ソフト
　　　担当：永瀬　茂教授（分子研）・北浦　和夫教授（産総研/京大）
・連携ツール（GIANT、IGNITION）
　　　担当：岡崎　進教授（名大）・水谷　文保氏（分子研）

　今回は第３回目として、「高並列汎用分子動力学シミュレーションソフトModylasと入力支援ツールIgnition(仮称)講習会」を行います。
詳しくは上記内容をご参照下さい。
　皆様のご参加を、お待ちしております。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　―ナノ統合拠点事務局―

Email:nanogc1(at)nanogc.ims.ac.jp
迷惑メール対策のため、メールアドレスの(at)を@に置き換えてください。 (Please use at sign instead of (at).)

URL:http://nanogc.ims.ac.jp/nanogc/coop/index.html

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